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Der Lotus Domino Server liefert mehrere Dienste. Er ist zunächst ein Datenbank-Server, der Notes-Dokumente an die Notes-Clients liefert. Dann gibt es einen Router-Server-Task (Task „router“), der sowohl das native Domino Routing-Protokoll NRPC (Notes Remote Procedure Call) als auch das Simple Mail Transport Protokoll (SMTP) zum Senden von Mails ins Internet beherrscht. Der dazugehörige SMTP-Servertask (Task „smtp“) dagegen sorgt dafür, dass Internet Mails auf diesem Server empfangen werden können.
Ferner gehört auch ein HTTP-Server zum Lieferumfang (Task „http“) sowie weitere Server wie z. B. IMAP, POP3, LDAP. In den verschiedenen Datenbanken werden die Daten
gemeinsam mit der Anwendungslogik und der Benutzeroberfläche abgelegt. Im Lieferumfang sind schon mehrere Anwendungen mit dabei: unter anderem E-Mail, Kalender, Aufgabenliste und Adressverwaltung.
Im Gegensatz zu anderen Datenbankensystemen können die Datenbanken auch ohne Verbindung zum Lotus Domino Server, nur mit dem Lotus Notes Client, genutzt und
bearbeitet werden. Sobald wieder eine Verbindung zwischen Client und Server besteht werden die Änderungen an den Daten je nach Konfiguration automatisch – gemäß den
definierten Verbindungsintervallen – oder auch manuell abgeglichen.
Dieses Konzept ist aus der Theorie der verteilten Datenbanken bekannt als Replikation (Datenverarbeitung). Wenn ein Notes-Client (oder ein Domino-Server) mit einem Domino-Server Datenbanken repliziert, werden nur neue und geänderte Dokumente übertragen. Bei Bedarf kann auch nur ein Teil der Gesamtdaten repliziert werden, dies kann dann über die Replizierparameter für jede Datenbank eingestellt werden (selektive Replikation). Der Replikationsmechanismus kann Änderungen an Dokumenten auf Feldebene erkennen und bei umfangreichen Dokumenten nur die geänderten Feldinhalte übertragen. Dadurch wird die zur Verfügung stehende Netzwerk-Übertragungskapazität effizient genutzt.
Bei Organisationen, die nur „dünne“ Kommunikationsleitungen (z. B. analoge Telefon-Modems, 2.4 bis 56 kbit/s) haben, können die Replikationszeitpunkte auf Niedertarifzeiten (vor allem Nachts) gelegt werden und relativ große Datenmengen günstig und ohne die Anwender zu behindern übertragen werden.
Arbeiten „off-line“: Der Einsatz von Lotus Domino lohnt dann, wenn Mitarbeiter auch unterwegs einen gesicherten Zugriff auf wichtige Datenbanken benötigen.
Der Lotus Domino Server ist für eine Reihe von Plattformen wie z. B. Windows, Linux, AIX, Sun Solaris, AS/400 (OS/400), z/OS und zLinux verfügbar.
Domino-Server können in Domino-Clustern betrieben werden. Dabei werden zwei bis maximal sechs Domino-Server einander zugewiesen. Das darunterliegende Betriebssystem spielt dabei keine Rolle, so ist es möglich, dass ein Domino-Server auf Windows mit einem anderen Domino-Server auf AIX einen Domino-Cluster bilden. Ein Domino-Cluster kann aus Servern verschiedener Versionen aufgebaut werden. Domino-Cluster haben nichts mit Clustern auf Betriebssystemebene zu tun. Bei Ausfall des einen Domino-Servers übernimmt der andere Domino-Server seine User Sessions. Cluster werden eingesetzt, um die Verfügbarkeit und Leistungsfähigkeit zu maximieren (bei einem Serverausfall bzw. zur Lastverteilung).

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